Главное управление Федеральной службы исполнения наказаний России по Республике Башкортостан входит в число семнадцати наиболее крупных Главных управлений в субъектах федерации.

На территории республики дислоцировано пять следственных изоляторов, двенадцать мужских исправительных колоний, две колонии-поселения, воспитательная колония для несовершеннолетних. Они расположены в Уфе, Стерлитамаке, Салавате, Мелеузе, Бирске, Белорецке, Дюртюлях.
Кроме того, в городах и районах действуют шестьдесят семь уголовно-исполнительных инспекций (УИИ). Они осуществляют контроль за отбыванием наказаний не связанных с лишением свободы.